A Beta-mixture model for dimensionality reduction, sample classification and analysis

Laurila, Kirsti; Osre, Bodil; Andersen, Claus L.; Lamy, Philippe; Orntoft, Torben; Yli-Harja, Olli; Wiuf, Carsten
BMC Bioinformatics, 2011
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Continuous hypoxic culturing of human embryonic stem cells enhances SSEA-3 and MYC levels

Närvä E; Pursiheimo J-P; Laiho A; Rahkonen N; Emani M R; Viitala M; Laurila K; Sahla R; Lund R; Lähdesmäki H; Jaakkola P; Lahesmaa R
PLoS ONE, 2013
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Cross-species comparision of STAT6 transcription regulation in mice and humans

Tekijä: Laurila, Kirsti
TISE Seminar, Tampere Graduate School in Information Science and Engineering (TISE). Tampere University of Technology, 2011
B3 Vertaisarvioimaton artikkeli konferenssijulkaisussa

ESTOOLS Data@Hand: human stem cell gene expression resource

Kong, Lingjia; Aho, Kaisa-Leena; Granberg, Kirsi; Lund, Riikka; Järvenpää, Laura; Seppälä, Janne; Gokhale, Paul; Leinonen, Kalle; Hahne, Lauri; Mäkelä, Jarno; Laurila, Kirsti; Pukkila, Heidi; Närvä, Elisa; Yli-Harja, Olli; Andrews, Peter W.; Nykter, Matti; Lahesmaa, Riitta; Roos, Christophe; Autio, Reija
Nature methods, 2013
B1 Kirjoitus tieteellisessä aikakauslehdessä

Evaluation of methods for modeling transcription factor sequence specificity

Weirauch MT; Cote A; Norel R; Annala M; Zhao Y; Riley TR; Saez-Rodriguez J; Cokelaer T; Vedenko A; Talukder S; Agius P; Arvey A; Bucher P; Callan CG Jr; Chang CW; Chen CY; Chen YS; Chu YW; Grau J; Grosse I; Jagannathan V; Keilwagen J; Kiełbasa SM; Kinney JB; Klein H; Kursa MB; Lähdesmäki H; Laurila K; Lei C; Leslie C; Linhart C; Murugan A; Myšicková A; Noble WS; Nykter M; Orenstein Y; Posch S; Ruan J; Rudnicki WR; Schmid CD; Shamir R; Sung WK; Vingron M; Zhang Z; Bussemaker HJ; Morris QD; Bulyk ML; St
Nature biotechnology, 2013
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Identification of early gene expression changes during human Th17 cell differentiation

Tuomela, Soile; Salo, Verna; Tripathi, Subhash K.; Chen, Zhi; Laurila, Kirsti; Gupta, Bhawna; Äijö, Tarmo; Oikari, Lotta; Stockinger, Brigitta; Lähdesmäki, Harri; Lahesmaa, Riitta
blood, 2012
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Integrative genomics and transcriptomics analysis of human embryonic and induced pluripotent stem cells

Laurila, Kirsti; Autio, Reija; Kong, Lingjia; Narva, Elisa; Hussein, Samer; Otonkoski, Timo; Lahesmaa, Riitta; Lahdesmaki, Harri
biodata mining, 2014
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

A linear model for transcription factor binding affinity prediction in protein binding microarrays

Annala, Matti; Laurila, Kirsti; Lähdesmäki, Harri; Nykter, Matti
PLoS ONE, 2011
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Prenatal metformin exposure in mice programs the metabolic phenotype of the offspring during a high fat diet at adulthood

Salomäki, Henriikka; Vähätalo, Laura H.; Laurila, Kirsti; Jäppinen, Norma T.; Penttinen, Anna-Maija; Ailanen, Liisa; Ilyasizadeh, Juan; Pesonen, Ullamari; Koulu, Markku
plos one, 2013
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

PROlocalizer - integrated web service for protein subcellular localization prediction

Laurila, Kirsti; Vihinen, Mauno
Amino acids, 2011
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

SNP genotype effects on gene and transcript expression variation in human embryonic and induced pluripotent stem cells

Laurila, Kirsti; Närvä, Elisa; Hussein, Samer; Otonkoski, Timo; Lahesmaa, Riitta; Lähdesmäki, Harri
2011
D3 Artikkeli ammatillisessa konferenssijulkaisussa

Tumor-specific usage of alternative transcription start sites in colorectal cancer identified by genome-wide exon array analysis

Thorsen, K.; Schepeler, T; Öster, B.; Rasmussen, M.H.; Vang, S.; Wang, K.; Hansen, K.Q.; Lamy, P.; Pedersen, J.S.; Eller, A.; Mansilla, F.; Laurila, Kirsti; Wiuf, C.; Laurberg, S.; Dyrskjöt, L.; Örntoft, T.F.; Andersen, C.L.
BMC Genomics, 2011
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä